Родился 20 января 1958 года в Казани в многодетной православной семье.

После окончания средней школы принят послушником в Псково-Печерский монастырь.

В 1978 году поступил в Московскую духовную семинарию, в 1981 году — в Московскую духовную академию, которую окончил в 1985 году со степенью кандидата богословия, защитив диссертацию на тему «Нравственно-аскетические воззрения прп. Нила Синайского», и направлен в Казанскую епархию.

4 ноября 1987 года епископом Казанским и Марийским Пантелеимоном (Митрюковским) рукоположен в сан диакона.

23 апреля 1989 года епископом Казанским и Марийским Анастасием (Меткиным) пострижен в монашество.

15 февраля 1990 года рукоположён во иеромонаха, назначен секретарем Казанского епархиального управления.

К празднику Святой Пасхи 1991 года Патриархом Алексием II награждён саном игумена.

11 июня 1993 года постановлением Святейшего Патриарха и Священного Синода игумену Иоанну (Тимофееву) определено быть епископом Йошкар-Олинским и Марийским по возведении в сан архимандрита.

28 июня 1993 года в Успенском соборе Московского Кремля Патриархом Алексием II возведён в сан архимандрита.

24 июля 1993 года в храме Рождества Пресвятой Богородицы села Семёновка чин наречения архимандрита Иоанна во епископа Йошкар-Олинского и Марийского совершили Святейший Патриарх Алексий II, архиепископы Чебоксарский и Чувашский Варнава (Кедров), Ижевский и Удмуртский Николай (Шкрумко), епископы Казанский и Татарстанский Анастасий (Меткин) и Истринский Арсений (Епифанов).

25 июля 1993 года в храме в честь Рождества Пресвятой Богородицы в селе Семёновка Республики Марий Эл теми же архиереями хиротонисан во епископа Йошкар-Олинского и Марийского.

29 февраля 2004 года возведён в сан архиепископа.

C 5 января по 22 марта 2011 года, после кончины митрополита Хрисанфа (Чепиля), временно управлял Вятской и Слободской епархией. Поддержал предложение диакона Михаила Казаковцева, личного секретаря покойного митрополита, о переименовании улицы, носящей имя большевика, в честь митрополита Хрисанфа.

6 октября 2017 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви (журнал № 76) было решено образовать в пределах Республики Марий Эл Марийскую митрополию, включающую в себя Йошкар-Олинскую и Волжскую епархии. Главой Марийской митрополии был назначен архиепископ Йошкар-Олинский и Марийский Иоанн.

4 ноября 2017 года, в праздник Казанской иконы Божией Матери (в память избавления Москвы и России от поляков в 1612 году), Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл в Патриаршем Успенском соборе Московского Кремля возвел архиепископа Йошкар-Олинского и Марийского Иоанна в сан митрополита.

Награды:

Церковные:

2003 г. — орден прп. Сергия Радонежского II степени;

25 февраля 2008 г. — орден прп. Серафима Саровского II степени;

20 февраля 2013 г. — орден свт. Иннокентия Московского II степени;

20 января 2018 г. — орден святого благоверного князя Даниила Московского II степени;

8 октября 2019 г. — памятной панагии в связи с 25-летием архиерейской хиротонии.

Светские:

17 января 2008 г. — орден «За заслуги перед Марий Эл» II степени;

9 августа 2019 г. — звание «Почетный гражданин города Йошкар-Олы».