24 июня 1996 года в Новоюжном районе города Чебоксары - столицы Чувашской Республики Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II при архиепископе Чебоксарском и Чувашском Варнаве,при президенте Чувашской Республики Федорове Н.В были заложены первые кирпичи в основание будущего храма и освящен закладной камень, под который была помещена капсула с грамотой следующего содержания:
Во имя Отца, и Сына, и Святого Духа, основася сия церковь в честь и память «Собора Новомучеников и Исповедников Российских» при святительстве Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, при архиепископе Чебоксарском и Чувашском Варнаве, при президенте Чувашской Республики Николае Васильевиче Федорове, лета 1996, месяца июня, 24 дня
Это первый храм в Чувашии, который закладывается после революционных потрясений в честь Новомучеников Российских - тех, кто пострадал за веру.
9 декабря 1996 года начало строительства деревянного храма, который спустя три месяца начал принимать первых прихожан. Но это еще не тот величественный храм, который украшает собой ныне Новоюжный район.
1997 год - начато строительство основного кирпичного храма, состоящего из двух комплексов: на первом этаже вместительностью более 400 человек, и на втором; более 600 человек
7 июля 2001 года Святейший Патриарх Алексий II совершил освящение храма в честь Новомучеников и Исповедников Российских,крестный ход с частицей мощей мучеников вокруг храма и первую Божественную литургию.
Строителю и настоятелю церкви,протоиерею Григорию Медведеву был вручен орден Святого Благоверного князя Даниила Московского II степени.
24 октября 2001 года преставился ко Господу протоиерей Григорий Медведев и был похоронен за алтарем храма. 31 декабря 2005 года была установлена звонница с куполом.
1 апреля 2004 года по 14 сентября 2020 года настоятелем храма в честь и память "Собора Новомучеников и Исповедников Российских" был архимандрит Гурий (Данилов).
С сентября 2020 года настоятель храма иеромонах Иов (Маркелов).