Согласно Уставу, управление деятельностью осуществляется в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Уставом образовательного учреждения на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Высшим органом управления Центром является его Учредитель – Религиозная организация «Чебоксарско-Чувашская епархия Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)».

Единоличным исполнительным органом Центром является  Директор. Директор Центра осуществляет текущее руководство деятельностью Центра, подотчетен Учредителю. Директор назначается решением Учредителя на 5 (пять) лет.

В Центре формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся:

Общее собрание  работников и обучающихся,

Педагогический совет.

Структурных подразделений и филиалов Религиозная организация — духовная профессиональная образовательная организация «Центр подготовки церковных специалистов  имени святителя Гурия Казанского Чувашской Митрополии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)»  нет.